Der junge Schüler Ayato führt eigentlich ein Leben von dem viele träumen.
Er wohnt zusammen mit seiner "Schwester" Reika, die sehr viel für ihren "Bruder" übrig hat und sehr Eifersüchtig werden kann.
Besonders wenn Ayatos Freundin Hiroko dazu kommt.
Doch eines Tages werden Ayato und Reika daheim plötzlich von einer lauten Explosion erschreckt und als sie nachsehen gehen von komischen Anzugträgern angegriffen.
Diese wollen Ayato entführen und Reika ausschalten, doch in letzter Sekunde greift plötzlich eine junge Frau ein und rettet die beiden.
Dabei stellen sie erstaunt fest das die Männer seltsamer Weise blaues Blut haben, doch das soll erst der Anfang sein.
Die Frau nimmt die beiden mit in ein geheimes Areal unter der Stadt in dem das sogenannte "Ei des Xephon" lagert.
Darin soll ein alter Gott namens Rahxephon schlummern den Ayato angeblich erwecken kann.
Und tatsächlich gelingt es ihm den riesigen Giganten zu erwecken und ihn ihm mit Reika und der Frau zu fliehen.
Er erfährt von Haruka (die Frau die in gerettet hat) das er bisher in einer riesigen Blase, die einst von Rahxephon erschaffen wurde, gelebt hat und alle Menschen dort von einer Organisation namens Mu kontrolliert werden.
Sie wissen nichts davon das sie in einer Blase leben und ihre Erinnerungen werden manipuliert.
Zudem vergeht die zeit in der Blase auch noch langsamer als in der restlichen Welt.
Diese hat sich in der Organisation Terra zusammengeschlossen und führt nun Krieg gegen Mu und Rahxephon soll ihre neue Geheimwaffe werden.
Ayato und Reika haben indes nicht einfach, denn von den Menschen werden sie, wegen dem Entwicklungsunterschied als "Zurückgebliebene aus der Blase" behandelt und als Versuchskaninchen benutzt.
Als sich allerdings herausstellt das scheinbar nur Ayato Rahxephon steuern kann, ändert sich das plötzlich.
Jetzt soll Ayato für Terra kämpfen.

Rahxephon wird von vielen als der Nachfolger von  Neon Genesis Evangelion bezeichnet und tatsächlich gibt es viele Parallelen zwischen beiden, Nachfolger ist aber dennoch fehl am Platz.
Rahxephon fehlen nämlich einige Entscheidende Dinge gegenüber NGE.
Zwar ist der Humor recht dem von NGE (besonders am Anfang der Serie) recht ähnlich und auch die Mechas und Mechakämpfe erinnern sehr an den Klassiker, aber die tiefgründige Geschichte und besonders die Psycho-Chara-Entwicklungen sind nicht zu vergleichen.
Im Vergleich zu NGE ist Rahxephon der eher harmlose Kost für zwischen durch.
Nichts desto trotz ist die Geschichte wieder unterhalten und spannend und der Humor gut.
Die Zeichnungen und Designs sind auch durchgehen auf gutem Niveau und sorgen dafür das sich der Manga schön lesen lässt.
Fans von Mecha-Serien werden mit Rahxephon auf keinen Fall falsch liegen und können bedenkenlos zugreifen.

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