Nachdem seine Zufluchtsinsel bei einer unterirdischen Nuklearreaktion zerstört wird taucht Godzilla plötzlich in Hong Kong auf und scheint schwer angeschlagen. Sein ganzer Körper glüht rot und aus seinen Poren schießt heißer Dampf.
Der Student Kenichi Yamane, Enkel des legendären Prof. Yamane der beim ersten Auftauchen Godzillas dabei war, kennt die Antwort. In Godzilla brodelt es wie in einem außer Kontrolle geratenen Kernreaktor und wenn nicht bald etwas getan wird könnte er sogar explodieren.
Der weil forscht Doktor Ijuin an Mikrosauerstoff, genau dem Gebiet der Waffe die den ersten Godzilla getötet hat und deren Erfinder seine Geheimnis mit ins Grab nahm.
Dabei findet er in Proben die an der Einsatzstelle des ersten Oxygen-Zerstörers aus dem Boden entnommen wurden eine ungewöhnliche Form des Lebens. Doch noch bevor er diese Urzeitkrebse genauer erforschen kann entkommen sie aus seinem Labor, überfallen ein großes Aquarium und sind kurz darauf, als ihnen die Armee auf den Leib rücken will, schon so groß wie Flusspferde.

Derweil steuert Godzilla auf ein Kernkraftwerk zu, kann aber unter Einsatz der Superwaffe X3 vertrieben und sein Zustand kurzzeitig stabilisiert werden. Trotzdem ist klar dass er unaufhaltsam auf eine alles vernichtende Kernschmelze zusteuert.
Der Mikrosauerstoff aus dem Oxygen-Zerstörer wäre die letzte Rettung und wie der Zufall es will befindet sich genau davon eine Menge in den Körpern der mutierten Urzeitkrebse, die sich nach einer fehlgeschlagenen Attacke der Armee zu einem gigantischen Monster Destoroyah vereinen.
So beschließt man Godzilla mit Hilfe seines inzwischen ebenfalls georteten Nachwuchses zu Destoroyah zu locken damit diese sich bekämpfen und gegenseitig vernichten können.
Schließlich kommt es in Tokio zum großen Showdown zwischen Godzilla, Godzilla jr., Destoroyah und der Armee mit ihrer Superwaffe X3.

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