Bei der Suche nach Überresten des zerstörten Mechagodzilla wird das japanische U-Boot Akatsuki von einem neuartigen Monster zerstört.
Bei Recherchen stößt man auf die Theorie eines gewissen Dr. Mafune, der vor 15 Jahren aus der Universität verbannt wurde, weil er behauptete einen riesigen Dinosaurier im Meer entdeckt zu haben und in sogar kontrollieren zu können.
Der lässt sich allerdings von seiner Tochter verleugnen und für Tot erklären, denn er hat den wahnsinnigen Plan entwickelt sich mit Hilfe seines Titanosauriers an der Menschheit zu rächen. Dafür ist er einen Pakt mit mysteriösen Geldgebern eingegangen, die sich als außerirdische Invasoren herausstellen, die nicht nur die Tochter des Doktors wiederbelebt haben, sondern in einer geheimen Basis auch an einem neuen Mechagodzilla arbeiten.
Mit dem und dem Titanosaurier wollen sie den echten Godzilla endgültig vernichten und danach die Erde erobern.
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