Alles scheint ruhig auf der Erde. Godzilla und die übrigen Monster werden auf einer abgelegenen Insel gefangen gehalten und von Wissenschaftlern überwacht.
Der weil hat die Menschheit den Frieden genutzt und eine erste Raumstation auf dem Mond errichtet, von wo aus sie mit der genaueren Untersuchung des Erdbegleiters fortfährt.

Doch eines Tages bricht plötzlich der Kontakt zur Kontrollbasis auf der Monsterinsel ab.
Dort wird derweil die gesamte Insel mit einem mysteriösen gelben Gas geflutet, das alle in Tiefschlaf versetzt.
Kurze Zeit später tauchen die bis dahin friedlichen Monster dann in verschiedenen Hauptstädten rund um den Globus auf und beginnen selbige zu verwüsten.
Zur Unterstützung wird das Raumschiff SY-3 vom Mond zurückbeordert und nimmt Kurs auf die Monsterinsel um dort nach dem Rechten zu sehen. Angekommen müssen sie feststellen das die Monster von der Insel aus ferngesteuert werden und zwar von Außerirdischen vom Planeten Kilaak, die neben den Monstern auch die dortigen Wissenschaftler kontrollieren und die auf die Erde umsiedeln wollen.

Katsuo und seine Männer aus der SY-3 können allerdings mit dem ehemaligen Leiter der Station Dr. Otani entkommen, der steht aber nach wie vor unter der Kontrolle der Aliens und versucht sich umzubringen.
Wie die Menschen herausfinden werden sowohl die Monster, als auch die Überläufer von heimlich platzierten Sendern aus ferngesteuert, die im Fall der Monster als Steine oder Früchte getarnt in rund um den Globus platziert wurden, im Fall der Menschen direkt an oder in den betreffenden Personen.

Doch muss es irgendwo ja eine Zentralstation geben und eben jene wird schließlich auf dem Mond entdeckt, so dass sich die SY-3 auf den Weg macht selbige zu zerstören.
Die Außerirdischen haben sich unterdessen in die Vulkanhöhlen unter den Fuji zurückgezogen und sollen dort von den Monstern, die nach Zerstörung der Mondbasis nun unter Kontrolle der Menschen stehen, vernichtet werden.
Allerdings haben sie noch ein paar Trumpfkarten in der Hinterhand und so taucht plötzlich Ghidorah auf und greift die versammelten Erdmonster an.

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