45 Jahre ist es inzwischen her das Japan von Godzilla angegriffen wurde und es schließlich gelang ihn mit Hilfe des Oxygenzerstörers zu töten. Seit dem sind immer mal wieder ein paar andere Monster aufgetaucht, aber keines von ihnen war mit der Zerstörungskraft Godzillas vergleichbar.

Doch nun, ihm Jahre 1999, taucht erneut ein Godzilla an Japans Küste auf und das Militär steht ihm hilflos gegenüber.
Viele Soldaten werden getötet, darunter auch die Kammeraden der jungen Soldatin Akane Yashiro, für deren Tod sie die Verantwortung übernimmt und folglich ins Archiv Strafversetzt wird.
Während sie dort drei Jahre langweiligen Innendienst schieben muss, arbeitet ein Team aus namenhaften Forschern unter Leitung einer Spezialabteilung des Militärs an einer neuen Waffe gegen Godzilla.
Mit Hilfe des geborgenen Skeletts des 1954 getöteten Godzillas will man einen riesigen Bio-Roboter bauen, der mit einer Null-Punkt-Strahlenkanone ausgerüstet werden soll um Godzilla in eine Atome zu zerlegen.

Als dieser Mecha-Godzilla, von allen Kiryu genannt, endlich fertiggestellt ist wird auch Akane in die Spezialeinheit die ihn steuern soll versetzt, sieht sich da aber dem Mistrauen und den Anfeindungen der übrigen Teammitglieder ausgesetzt. Vor allem der Pilot, dessen Bruder unter den Toten von 1999 war, kenn si einfach nicht als Teammitglied akzeptieren.
Einen Vertrauten findet sie aber in dem Wissenschaftler Tokumitsu Yuhara und dessen kleiner Tochter Sara, die Akane sehr an sich selbst in diesem Alter erinnert.

Derweil ist Godzilla an die Küste Japans zurückgekehrt und Mecha-Godzilla soll endlich gegen ihn antreten, gerät dabei aber schon nach kurzer Zeit außer Kontrolle und verwüstet schließlich seinerseits die Stadt, während Godzilla wieder im Ozean verschwindet.
Den fassungslosen Behörden bleibt nichts anderes übrig als abzuwarten bis dem Roboter die Energie ausgeht und ihn dann wieder ins Labor zurück zu schleppen.
Zwar finden die Forscher schließlich heraus das es an den, von Godzilla stammenden, Gehirnzellen lag die für den Bau des Roboters benutzt wurden, doch in Regierungskreisen und der öffentlichen Meinung gerät das gesamte Projekt trotzdem immer mehr in die Kritik und soll schließlich sogar eingestellt werden.

Als Godzilla schließlich erneut angreift zögert der Premierminister und will Mecha-Godzilla nicht einsetzen, doch als sich das übrige Militär wieder einmal als chancenlos gegen das Monster erweist bleibt ihm schließlich nichts anderes übrig als Mecha-Godzilla eine zweite Chance zu geben.
So stehen sich Godzilla und sein Maschinenebenbild erneut gegenüber und dieses Mal soll es der alles entscheidende Kampf werden.

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